En el año 2000 comenzaron unas profundas obras de rehabilitación que se prolongaron hasta el año 2006, camiseta celta con el completo derribo y reconstrucción de los graderíos. La remodelación se inauguró el 14 de septiembre de 2006, con el encuentro Málaga C.F. Ese verano el Málaga disputó la Peace Cup 2009, un torneo amistoso internacional, siendo una de las sedes el estadio La Rosaleda. Ese mismo verano, Fernando Sanz, hijo del expresidente del Real Madrid, Lorenzo Sanz, se hizo con el control del 97% de las acciones de la sociedad, convirtiéndose en presidente del club. Con los locales aculados en su campo por precaución y tacticismo, esperando golpear por sorpresa, los verdiblancos se acercaron con poca fe, casi sin querer adueñarse del balón, que se alternaban los dos equipos en ataques estériles.
23’Denis Suárez (Celta de Vigo) ha recibido una falta en campo contrario. 21:38 Minuto 36 – Otro balón perdido por el Sevilla en el centro del campo. 17:36 Minuto 69 – Ferreyra entra por Campuzano en el Espanyol. Víctor Sánchez (Espanyol) ha recibido una falta en la zona defensiva. En los días de partido de competición nacional en La Rosaleda ondea en la zona superior de la grada de Gol, junto a las banderas española, andaluza, malagueña, europea y de la UEFA y su competición, cuando corresponde. Hasta nuestros días el club ha utilizado más de una treintena de escudos diferentes. La enseña del Málaga está compuesta por nueve franjas horizontales de igual tamaño, cinco azules y cuatro blancas, con el escudo del club situado en posición centrada. Al año siguiente el proyecto del Málaga CF fracasa y el equipo desciende a Segunda División como último clasificado, con sólo 24 puntos y cinco victorias en la Liga.
Con el nuevo entrenador se decidió descartar a algunos integrantes de la plantilla y reforzarla con jugadores como Enzo Maresca, Martín Demichelis, Ignacio Camacho o Julio Baptista. El 28 de junio de 2010 se presentó al nuevo entrenador del Málaga CF, Jesualdo Ferreira. Gregorio Manzano fue destituido como entrenador en la jornada 18, con el club en puestos de descenso. Con vistas a la temporada 2011/12 se firma un contrato con la compañía Nike como proveedor de las diferentes categorías del club. Sobre el pecho el logo de la marca Nike y el escudo del club. El escudo del Málaga ha evolucionado desde 1904 prácticamente en cada una de las décadas de su historia, sufriendo alteraciones de mayor o menor intensidad.
La segunda equipación emplea el naranja como color principal, con el logo de Nike, escudo del club y eslogan en la parte frontal de la camiseta; y la tercera equipación, camiseta grisácea con mangas, pantalón y medias negras. Tras la marcha de Pellegrini, forzada al ser imposible mantener el nivel de ambición en el proyecto deportivo, se ficha como nuevo técnico al alemán Bernd Schuster. Y como tenemos muchas cosas que comentar no esperamos más y arrrrrancamooooos. Las gradas de tribuna y preferencia quedaron cubiertas, mientras que las gradas de fondo y gol sufrieron mejoras en los accesos y los asientos. Un gol de Pione Sisto fue decisivo en la clasificación de los gallegos.