El 31 de agosto de 2012, Santa Cruz regresó a España, Andalucía, esta vez fichado por el Málaga en un préstamo durante toda la temporada. Esta fue la primera vez que había marcado un gol en tres juegos consecutivos con el Bayern Múnich. Santa Cruz se reunió con el centro de Argentina hacia atrás con su buen amigo Martín Demichelis, con quien había jugado en el Bayern Múnich. Terminó la temporada 2006-07 de la Bundesliga con dos goles en 26 partidos de liga, con el Bayern Múnich terminando en la cuarta posición con 60 puntos. Debido a la lesión del paraguayo se redujo a sólo 14 partidos de liga para la temporada 2002-03 con el Bayern Múnich terminando en la parte superior de la tabla de la Bundesliga 2002-03 con 75 puntos. Con Giovane Élber trasladado a Lyon, el Bayern Múnich firmó al delantero holandés Roy Makaay, everton camiseta 2019 2020 el cual ofrecería una mayor competencia entre Santa Cruz y Claudio Pizarro para la temporada 2003-04 de la Bundesliga.

Se coronaron campeones de la temporada 2004-05 de la Bundesliga con 77 puntos. El Bayern Múnich, sin embargo, quedó eliminado en el grupo con solo dos puntos. Bayern Múnich, finalmente, terminó en segundo lugar de la tabla de la Bundesliga con 68 puntos, seis puntos por debajo del Werder Bremen. Se lesiona, lo cual reduce a sólo 13 partidos en la Bundesliga para la temporada. Él anotó su cuarto y último gol de la temporada en la victoria por 3-1 en casa contra el Stuttgart el 3 de mayo. Dos semanas más tarde, marcó un doblete en la victoria por 3-0 al VfB Stuttgart el 7 de diciembre.

Durante la Copa de la Liga, marcó un doblete en una derrota por 3-2 ante el Arsenal. En diciembre, Cruzeiro había hecho una oferta por Santa Cruz y también habían ofrecido a Manchester City su alta calificación joven de 17 años de edad, Leo Bonatini, como parte del acuerdo. Santa Cruz había hecho apariciones sorpresa para Manchester City durante la gira y los amistosos de pretemporada del club. Hizo 29 apariciones de liga, después de haber superado la cantidad de apariciones que hizo durante su primera temporada antes de enfrentarse a una lesión. Después de hacer siete goles en 33 apariciones de la liga, camiseta borussia dortmund 2020 2021 anunció su deseo de permanecer con el Real Betis.

Tuvo muchas oportunidades para irse, especialmente al A.C. Milan y al Real Madrid, pero no, Totti, lo más romano que ha tenido Roma desde el genial Alberto Sordi, nunca se marchó. El 10 de agosto de 2012, se informó de que el Werder Bremen hizo una oferta por él. Desde ese punto de vista es una ventaja, claro», comentó. El 6 de julio de 2012, se informó de que estaba a punto de firmar con el Real Betis en una oferta permanente, camiseta betis dia de andalucia pero había problemas debido a sus demandas salariales elevadas. De hecho a causa de dichos problemas físicos se perdió gran parte de las eliminatorias jugando tan sólo cinco de los dieciocho encuentros con tres goles anotados.

Celebró su cumpleaños número 26 y su primer partido completo anotando en una victoria por 1-0 en la ida contra MYPA en las rondas de clasificación de la UEFA Europe League el 16 de agosto. El 13 de marzo de 2013, Santa Cruz anotó el segundo gol del Málaga en su victoria 2-0 en casa en los octavos de la UEFA Champions League ante el Porto. Su primera aparición en la UEFA Champions League 2005-06 fue en la victoria por 1-0 ante el Brujas el 27 de septiembre, donde fue sustituido a los 72 minutos. Su primera aparición de la temporada se produjo en la fecha 1 en una victoria 2-0 fuera de casa ante el Hamburgo, fue sustituido a los 60 minutos. Los niños fueron obligados a una habitación de la planta baja, mientras que los ladrones registraron la casa de arriba con su esposa mientras ella se vio obligado a entregar miles de libras en joyas.