Bayern Múnich, finalmente, terminó en segundo lugar de la tabla de la Bundesliga con 68 puntos, seis puntos por debajo del Werder Bremen. Es una columna conmemorativa erigida en 1564 con una figura de San Juan en la parte superior de mediados del siglo XIX; aunque existe cierta controversia sobre la razón de su construcción. No dejes pasar la oportunidad y ven a formar parte de nuestro Club de Negocios. En enero de 2009, tenían ofertas de £ 12 millones y 16 millones de £ rechazadas por Blackburn, con el club indicando que tomaría 25 millones de £ para que puedan incluso considerar la venta de su delantero estrella. Admitió que era consciente del interés de Cruzeiro, pero indicó que el desafío de consolidar la posición de su club en la Liga era más importante que la de pasar a nuevos pastos. Después de ocho años con el Bayern Múnich, declaró el director del Bayern de fútbol, Uli Hoeness, que necesitaba un cambio de escenario y optó por un traspaso al Real Betis, también recibió ofertas para ir a Italia e Inglaterra.

El Bayern Múnich ganó el 2005-06 DFB -Pokal cuando derrotaron a Eintracht Frankfurt por 1-0 en el Estadio Olímpico el 29 de abril, sin embargo Santa Cruz no participó en el partido. Su primera aparición en la UEFA Champions League 2005-06 fue en la victoria por 1-0 ante el Brujas el 27 de septiembre, donde fue sustituido a los 72 minutos. Celebró su cumpleaños número 26 y su primer partido completo anotando en una victoria por 1-0 en la ida contra MYPA en las rondas de clasificación de la UEFA Europe League el 16 de agosto. 77′ Cambio Último cambio en las filas blanquivioletas.

Obtuvo su primer hat-trick para Blackburn en la derrota 5-3 ante el Wigan Athletic el 15 de diciembre, Blackburn había estado perdiendo 3-0 antes de que él igualara las cosas. Blackburn terminó la temporada en el puesto 15 de la tabla de la Premier League con 41 puntos con Santa Cruz anotando solo 4 goles en 20 partidos de liga. Nota: No contabilizados los partidos y asistencias en rondas previas. Se lesiona, lo cual reduce a sólo 13 partidos en la Bundesliga para la temporada. Terminó la temporada 2006-07 de la Bundesliga con dos goles en 26 partidos de liga, con el Bayern Múnich terminando en la cuarta posición con 60 puntos. Bayern Múnich, finalmente, ganó el partido 4-1 en una tanda de penaltis al convertir el tercer penalti de su equipo.

Él anotó su primer gol de 2012 en una victoria en casa por 2-0 ante el Sporting de Gijón el 8 de enero. Él anotó su cuarto y último gol de la temporada en la victoria por 3-1 en casa contra el Stuttgart el 3 de mayo. Él anotó su tercer y último gol en la liga para la temporada en la victoria por 2-1 ante el Fulham el 21 de marzo. También hizo una aparición en la Copa de la Liga en una derrota 2-1 a West Bromwich Albion el 22 de septiembre. Su segundo gol de la temporada fue el 27 de septiembre en una victoria en casa por 2-1 contra el Newcastle United.

Durante la cuarta ronda de la Copa de la Liga, marcó en Blackburn 2-1 ante el Sunderland el 12 de noviembre, cuando entró en el campo en el minuto 62 y anotó a los 65 minutos. Durante la quinta ronda de la FA Cup 2008-09, marcó en los 90 segundos para dar Blackburn la ventaja en su empate 2-2 contra el Coventry City el 14 de febrero. Entre septiembre de 2010 de enero de 2011, había hecho una sola aparición en la Liga, entró en el empate 0-0 contra Birmingham City el 13 de noviembre, camiseta entrenamiento betis 2019 donde entró a los 66 minutos. Antes del comienzo de la temporada 2004-05, Santa Cruz jugó un total de 90 minutos en la victoria 3-2 de la final de la DFB-Ligapokal, Bayern Múnich ante el Werder Bremen el 2 de agosto.