Debido a la lesión del paraguayo se redujo a sólo 14 partidos de liga para la temporada 2002-03 con el Bayern Múnich terminando en la parte superior de la tabla de la Bundesliga 2002-03 con 75 puntos. Bayern Múnich, finalmente, terminó en segundo lugar de la tabla de la Bundesliga con 68 puntos, seis puntos por debajo del Werder Bremen. Con estos tres puntos ya eran 36 los que sumaba el Atlético, aún a cinco puntos del segundo clasificado, el Xerez, y a diez de la tercera plaza, que había pasado a ocuparla el Burgos. El lateral izquierdo saltó en el minuto 88 al campo en Pucela frente al Real Valladolid el pasado domingo.

Habiendo sido pasado por alto por el Bayern por el delantero Giovane Elber, el fichaje del delantero Claudio Pizarro para la temporada 2001-02 de la Bundesliga también limitaría sus apariciones, con regularidad sería sustituido para reemplazar a Pizarro o Élber. Con Giovane Élber trasladado a Lyon, el Bayern Múnich firmó al delantero holandés Roy Makaay, el cual ofrecería una mayor competencia entre Santa Cruz y Claudio Pizarro para la temporada 2003-04 de la Bundesliga. Esta fue la primera vez que había marcado un gol en tres juegos consecutivos con el Bayern Múnich. Su primera aparición de la temporada se produjo en la fecha 1 en una victoria 2-0 fuera de casa ante el Hamburgo, fue sustituido a los 60 minutos.

Su segundo gol de la temporada fue el 27 de septiembre en una victoria en casa por 2-1 contra el Newcastle United. Este nuevo disco tiene un segundo single llamado «Potaje de Garbanzos» estrenado el 4 de octubre, y el propio disco será lanzado al mercado el 18 de octubre. En el siguiente partido, marcó para el Bayern Múnich el segundo gol en la victoria 2-0 ante el Kaiserslautern el 23 de noviembre. Santa Cruz debutó en el Bayern Múnich en la temporada 1999-00 de la Bundesliga en la derrota 2-0 ante el Bayer Leverkusen, el 22 de agosto. Después de ocho años con el Bayern Múnich, declaró el director del Bayern de fútbol, Uli Hoeness, que necesitaba un cambio de escenario y optó por un traspaso al Real Betis, también recibió ofertas para ir a Italia e Inglaterra.

Ha jugado en los siguientes equipos: Málaga, Real Betis, Blackburn Rovers, Manchester City y Bayern Múnich, equipo donde se coronó campeón de la Champions League 2000/01, 5 Bundesligas, 4 Copas de Alemania y 1 Copa Intercontinental. En la primera jornada de Liga, el Villarreal empata en el Benito Villamarín (1-1) ante el Real Betis, con un gol de Soldado. 26 El francés ha puesto el partido muy de cara para el Real Madrid. El Bayern Múnich ganó el 2005-06 DFB -Pokal cuando derrotaron a Eintracht Frankfurt por 1-0 en el Estadio Olímpico el 29 de abril, sin embargo Santa Cruz no participó en el partido. Terminó la temporada 2006-07 de la Bundesliga con dos goles en 26 partidos de liga, con el Bayern Múnich terminando en la cuarta posición con 60 puntos. Antes del comienzo de la temporada 2004-05, Santa Cruz jugó un total de 90 minutos en la victoria 3-2 de la final de la DFB-Ligapokal, Bayern Múnich ante el Werder Bremen el 2 de agosto.