Sin embargo la temporada no empieza nada bien, y el Xerez no consigue la primera victoria hasta la jornada 7 ante la UB Lebrijana, camiseta del betis 2019 2020 lo que hace que ocupe los puestos de descenso en las primeras semanas. La temporada comienza con el equipo perdiendo sus tres primeros partidos, y hasta prácticamente mitad de temporada no consigue meterse en los puestos altos. Sin duda fue un éxito totalmente inesperado, puesto que el equipo andaluz había logrado la permanencia en la temporada anterior de milagro y se encontraba con una importante falta de fichajes antes de empezar la nueva campaña. Con el año 2001 llegó un nuevo ascenso del Xerez a Segunda, consumado con una victoria ante el CD Toledo por 2-0 en el Municipal de Chapín, éxito que provocó una enorme invasión de campo por parte de los aficionados.

Xerez da la sorpresa y termina la primera vuelta como campeón de invierno y encontrándose en puestos de ascenso a Primera División como líder de la categoría. Se designó el campo de fútbol de Villa Mercedes como local, se anunció la construcción del Estadio Domecq y esta vez el nombre oficial fue Xerez Fútbol Club. Esta idea consigue ampliar los escasos anchos de acerados exteriores disponibles convirtiéndolos en itinerarios de circulaciones adecuados al flujo peatonal del estadio. Le dio Guardado pero estima el asistente que había salida el balón antes del pase de Carles Pérez. 17:34 Balón profundo de Messi para la carrera en solitario de Suárez pero su disparo lo rechaza Javi Varas y lo recoge el turco para enviarla al fondo de las mallas. Manda a córner un balón peligroso. La manda a saque de esquina! Que llegara el empate era cuestión de tiempo, y el enésimo error defensivo de los blancos lo aprovechó Iago Aspas para plantarse solo ante Navas.

Y aparecían: Arocha, Hilario, Silva, Mujica, Campos, Molowny… En la selección era frecuente la presencia de jugadores canarios, siempre muy técnicos. Tras la final de Copa, Fernando Hierro fichó por el Real Madrid y Vicente Cantatore pasó a entrenar al Sevilla F. C., llegando a su vez jugadores como Caminero y Amavisca. En su lugar llegan principalmente jugadores experimentados como Pablo Redondo, Barber, José Mari y Gerard Autet, que ya había jugado en el club en temporadas anteriores. El 21 de agosto de 1963 se le cambia el nombre por el de «Xerez Club Deportivo» en honor al Xerez Fútbol Club original, que a su vez hace referencia al nombre de la ciudad tras la reconquista cristiana.

Se abría una nueva etapa para la entidad xerecista, que desde el primer momento buscaría el éxito en la división de plata del fútbol español. En el Alavés encontramos una curiosidad. Bajo la presidencia se encontrarían las áreas de administración, un museo, un salón de actos con capacidad para 300 personas, una tienda, una cafetería, peñas, una biblioteca y una capilla. En 1924 llegó a la presidencia del club Ramón Navarro Cáceres, que pretendió modernizar la entidad. En 1997 el empresario Luis Oliver se hace con la presidencia del club, subiendo al equipo de Segunda División B a Segunda, aunque sus iniciales buenas relaciones con el Ayuntamiento se fueron deteriorando.